Di SMP Negeri 41 Jakarta, 1 (satu) jam pelajaran bernilai 40 menit. Pada hari Senin hingga Kamis, siswa belajar antara 7-8 Jam Pelajaran, sedangkan pada hari Jumat 5 Jam Pelajaran, dengan diselingi waktu istirahat (jeda pelajaran) 1 x 30 menit. Pada hari Sabtu, dilaksanakan kegiatan remedial bagi siswa yang belum menuntaskan kompetensi dasar tertentu, dan kegiatan ekstra kurikuler. Pada hari Selasa hingga Kamis, setelah selesai kegiatan belajar mengajar, seluruh siswa dari semua jenjang (Kelas VII, VIII, dan IX) mengikuti kegiatan pemantapan untuk 4 (empat) matapelajaran yang diujikan secara nasional, senilai 1 x 60 menit. Kegiatan Penilaian terhadap siswa untuk kepentingan KBM dilakukan dengan metode tes dan non tes, meliputi penilaian tugas mandiri/kelompok, ulangan harian, Ulangan Tengah Semester, Ulangan Akhir Semester dan observasi perilaku. Perkembangan hasil penilaian dirancang dapat diakses oleh siswa/orangtua dengan memanfaatkan perkembangan ICT. Dalam satu semester siswa rata-rata mengikuti pembelajaran selama 17-18 minggu efektif.

Jam pelajaran dimulai pukul 07.00 s.d pukul 12.10 atau 12.50 WIB, untuk hari Senin hingga Kamis, sedangkan Jumat hingga pukul 10.50 WIB. Kemudian dilanjutkan dengan kegiatan pemantapan sampai pukul 14.30, untuk hari Selasa hingga Kamis. Sebelum pukul 07.00, siswa disambut dengan alunan musik selamat datang, sedangkan pada waktu istirahat (jeda pelajaran) sambil menikmati hidangan kantin sekolah disuguhi pula alunan berbagai musik penumbuh semangat atau penghilang kejenuhan. Semua itu diramu dan disajikan dari studio mini sekolah yang sedang dirancang untuk menjadi pusat penyiaran Televisi Educations 41.